بعد أن تم تعيينه مدير لرعاية الصحة الاساسية وجهت اتهامات الى الدكتور محمد الشاوش بالتطرف خاصة بالعودة الى منشوراته عبر حسابه الرسمي بموقع التواصل الاجتماعي فيسبوك التي تحرض على العنف و القتل و سحل كل من هو مختلف و تدعو الى تطبيق الشريعة اضافة الى منشورات دينية حول عذاب النساء و دعوات تحريضية ضد النائبة السابقة و رئيسة لجنة الحقوق و الحريات الفردية بشرى بلحاج حميدة ، فضلا عن تدوينات ضد مدنية الدولة و تتعارض مع الدستور.
من جهتها علقت بشرى بلحاج حميدة متسائلة عن كيف يتم تعيين مسؤول سامي في الدولة لا يعترف بدستورها و لا بحقوق مواطنيها على اختلاف ديانتهم بل يوصم المواطنين اليهود و يجيش ضدهم ، على حد قولها.
بدورها وجه رئيس نقابة الصحفيين التونسيين ناجي البغوري تساؤولا لكل من رئيس الحكومة و نواب البرلمان عن سبب تعيين متطرف يتبنى الفكر الداعشي مديرا عاما في وزارة الصحة.